饮用水水质问题主要可以分为以下几个方面：第一是微量有机物污染物；第二是藻类及代谢产物，包括藻毒素，臭味，氯化消毒副产物致病微生物，有机物对胶体的保护作用，稳定性铁锰，色度，氨氮，亚硝酸盐氨，硝酸盐等以及管网微生物的再繁殖和二次污染。
1.微量有机污染物

       微量有机物具有浓度低，毒性大的特点。有些有机污染物，具有致癌，致畸，致突变的作用。有些内分泌物质如（杀虫剂，塑化剂，烷基酚等），对人的生殖系统有破坏作用。我国水土流失比较严重，有机物失去胶体的保护作用，导致水中有机物浓度偏高，这已越来越引起人们的关注。

水中有机物常常以混合方式作用于人体，种类繁殖的有机污染物的致突变性和致癌性之间存在一定的相关性。研究者常常通过水中混合有机物的致突变性来评价水中有机污染物对人体健康的影响，其中Ames试验被广泛接受。结果表明，自来水中的致突变性比原水更强。

水中有机物污染的另一个特点是它们常常以微克级或更低水平存在，其对人体健康的影响具有积蓄性和潜伏期。并且由于每个人自身的身体状况和其他外在因素的不同，所以反应不同。这种情况使人产生一种错觉，认为Ames试验结果表明有致突变性的饮水并没有想像中那么可怕而美国环保局认为，致癌作用是无阀值的，即使是最小剂量，也会产生一定的反应。许多肿瘤流行病学的研究证实，水中有机物与肿瘤病有一定的联系，饮用氯化消毒水的年限多少，与癌症间的相对危险性呈现剂量反应关系。

2.藻类及其代谢产物

    由于我国水处理率比较低，富营养化现象比较严重，藻类过量繁殖。藻类不但影响常规水处理的处理效果，而且在氯化消毒过程中，会与氯作用生成氯化消毒副产物。藻类在代谢过程中，会产生藻类毒素直接危害人体健康。

3.臭味

    主要来自两方面，一方面是由于化学污染物引起的臭味，比如说氯酚和酚化物等，另一方面是藻类代谢产物，由于臭味在很低的浓度下，就可以被人们感觉出来，因此臭味对水质的影响是比较大的，也是比较普遍的，很多臭味难以被现行的常规给水处理工艺去除。

4.铁锰

    由于地面水中有机物胶体对铁锰呵护，形成有机络合性的铁锰，与地下水的铁锰不同。地表水中铁锰与有机物络合难以去除。因此，水源受到污染，铁锰和有机络合使它在水中更加稳定，给水厂中剩余的微量铁锰会使水的色度增加，影响水的感官指标。

5.氨氮和耗氧量

水源的污染，会使水中一些含氮的化合物增高，氨氮在一定条件下，它和氯作用会生成氨氯，从而消耗氯影响消毒效果。在一定的条件下，氨会转化成亚硝酸盐，增加饮用水中亚硝酸盐的浓度。当水质中氨氮较高浓度时，会直接影响水质口感。